二、各业务科的职责权限
综合业务科
负责保税货物进出口书面单证审核和各类有效证件的核注；办理税费征收、核销、放行，欠税催交手续；负责本处业务职权范围内国际船舶代理、船舶供应、船舶舱单联网企业，承运海关监管货物水运企业及船舶及其有关人员的培训、考核，资格认定、年审；协助办理涉及本处的行政复议、应诉工作。
调查科
负责进出、停靠上海关区码头、锚地、浮筒的海关监管船舶及其所载货物、服务人员、物品的巡视监管；负责对进出上海口岸船舶及其所载货物和服务人员携带物品的分类管理，对高风险船舶、物品布控、核对、查抄；负责对本关区内供船物品监管上船和查验；根据审核结果或布控指令对货物实施查验及取样送检；负责管辖内保税仓库及其所存的专项稽查和实际监管；超期贮存物品的清理和移交；负责办理国际兼营国内运输船舶改营手续；负责办理海关监管船舶进出口交接，船舶及其服务人员放弃物品的清理和移交，船舶服务人员的海关手续；负责审查进出口音像制品、印刷品，检测毒品等限制、禁止进境物品；负责调查、上报、结处管辖范围内走私违规案件；协同有关部门开展对管辖范围内走私违规案件的调查。
监管科
负责船舶进出境、船舶吨税申报的审核、复核、签证，征收船舶吨税等税费；负责办理船舶服务人员携带物品征免税监管手续；负责船舶舱单电子数据补输、删除、更正申请的审核、审批；负责供船物品进出口审单、布控、征收税费、放行、核销、结关；负责办理供船物品转关手续，核销回执；受理担保金、担保函申请和退税申请；办理担保函的销保手续；征收滞报金、滞纳金；负责进出口报关单证明联的签发；负责业务范围内风险信息的收集、分析和汇总。