二、各业务科的职责权限
通关一科
办理进口货物报关单证的审核、征税、验放、外汇签证手续；征收保证金、滞纳金及受理保金保函手续；办理进口税退税手续；受理进口货物直接退运的申请、审核及验放手续；负责进口报关单证管理。
通关二科
办理出口货物报关单证的审核、征税、验放手续；办理出口集装箱新箱申报、核放手续；办理出口报关单更改、退关、结关手续；签发出口报关单退税联、收汇核销联；出口报关单二次确认；出口货物舱单管理。
物流监控一科
负责对辖区内的海关监管区域、疏港点、进口分拨监管区、单位专用码头的24小时卡口值守和巡查；负责对进口分拨货物的全过程监管，并对存放在监管区内的进口分拨货物负责查验和放行二次确认；负责审核、批准港埠企业的疏港申请、对疏港货物从移离港区至疏港点的全程监控；负责对单位专用码头装卸海关监管货物的实际监管，现场监装监卸，登轮核对舱单；负责辖区内查验点的审批、管理，并对需查验货物从港区移至查验点的全过程实施监控；负责设立海关监管场所申请的审批。
物流监控二科
办理进出口转关、中转货物申报、核放手续及单证管理；处理进口超期未报关及放弃货物；负责出口集装箱新箱管理工作；负责油罐箱手册发放、核销负责对进口货物报关单二次确认。
加工贸易监管科
负责对辖区内三资企业加工贸易合同的备案、变更、延期、核销及深加工结转业务；负责辖区内保税仓库的日常管理及巡查；负责办理宝山区内企业的注册登记、变更、撤销手续；负责对外商投资企业减免税物资的后续管理；负责对辖区内直接从事进出口活动的企业进行海关信用等级评估、分类管理和年审工作。
风险管理科
负责本关区的进口货物实货放行工作；负责进口舱单的签收、归档、分析和实时布控，并组织开展吴淞口岸的风险分析工作。
调查科
负责查处关区内走私违规案件；案件审理、结处、归档；负责私货处理；对企业实施稽查。
查验一科
负责上港九区内的进出口货物查验工作，并负责吴淞关区进出口货物的取样化验送检工作。
技检一站
负责上港九区集装箱货物的H986技术检查，并组织技检图像的分析、归档及技检设备的安检、维护。