二、各业务科的职责权限
办公室
负责业务职权范围内报关企业、报关员的日常管理；协助办理涉及本关的行政复议、应诉工作。
通关科
负责进出口货物和进出保税区备案货物、物品书面单证审核和各类有效证件的核注，根据审核结果或布控指令实施查验布控或放行处理；对进出口货物的价格、税则归类等项目进行初审、复核，办理税费征收、核销、欠税催交手续；受理保证金、保证函申请及保证金转退和退税申请，办理保证金、保证函的销保手续，征收滞报金、滞纳金；负责办理铁路、公路、空运进出口转关手续，核销回执；负责进出口报关单证明联的后置签发工作。
物流监控科
负责对进出境、进出口货物、物品的查验、放行工作；负责对进出保税区车辆、货物、物品的检查、核对、登记和确认手续；负责对进区备案货物、物品的进区确认批注；负责对进口货物的实际放行和办理放行确认手续；负责对外高桥保税区卡口及隔离设施的管理及巡查。
减免税科
负责对保税区内企业和机构减免税货物的审批；负责办理区内企业外商常驻人员自用物品的审批备案手续；负责区内企业的注册登记和年审手续并负责对区内企业的分类管理和其他日常管理；负责区内企业减免税货物的后续管理；负责区内企业海关注册登记的注销工作。
保税业务监管科
负责外高桥保税区企业加工贸易合同的备案登记、核查、核销的管理工作；负责对区内仓储企业设立的审批、登记工作；负责对区内仓储货物的管理、核查、核销和仓库的巡查；负责区内展示厅的报批及展品的管理；负责区内仓储、展示货物区外测试、维修、展示的审批及担保金的收取审核工作；负责对区内保税商品交易市场及展品的管理。
调查科
负责辖区内走私违规案件的调查、上报、结处工作；协同上级主管部门开展对辖区内走私违规案件的调查；负责协助本关区知识产权海关保护工作；负责对一般案件处罚通知书的制作；负责对逾期未报和放弃货物、物品的移交处理工作；负责审查进出口音像制品、印刷品、文物等。