松江海关内设机构设置图
 
一、办公室工作职责：
负责协调处理涉及跨科室及多部门的有关事项，开展业务综合调研并就业务问题统一请示职能部门；
负责协调处理海关与地方政府的有关事项；协助办理涉及本关的行政复议、应诉工作；负责协助本关区知识产权海关保护工作；负责辖区内走私违规案件的调查、上报、结处工作。
 

二、各业务科的职责权限

通关科
负责接受本关辖区内三资企业进口货物的申报，书面单证及各类有效单证的核注，对进口货物的价格、税则归类等项目复核，办理税费征收、核销、欠税催交手续，根据审核结果布控查验或放行处理；负责辖区内投资总额在3000万美元以下外商投资企业减免税货物的初审及上报；负责保证金、保函申请及保证金转、退和退税申请，办理保证金、保函的销保手续，征收滞报金、滞纳金；负责受理辖区内三资企业加工贸易申请，保证金台帐开设及首次开展加工贸易企业的验厂工作；负责本辖区新三资企业注册登记，老企业年审；负责对进口需化验货物的移送及化验结果的登记补税操作；负责报关单付汇职的签发及报关单证遗失补签工作。
 
加工贸易管理科
负责辖区内加工贸易合同的中期检查、后期核销业务；负责本关范围内的常规和专项稽查工作；负责对辖区企业报核员的日常管理工作；负责辖区内减免税货物的抵押、退运和解除监管等后续管理工作；负责对辖区内加工贸易经营企业的分类评定工作；负责对辖区内倒闭企业的清算工作。
 
通关备案科
负责区内企业进出加工区的货物通关、仓储及转关运输业务；负责区内企业料件、设备的备案和企业注册工作；负责通关货物的税费征收、审价、统计工作；负责进出口货物备案清单、报关单及其他海关作业单证、电子数据的文档管理工作
 
监控核销科
负责对加工区内企业的调查、稽查工作，负责对加工区企业的稽查管理工作；负责GPS的实时监控和区内闭路电视全天候封闭监控的管理工作，并对卡口进、出区货物实施电子化有效监管；负责进、出区货物的查验工作，落实查验责任制，保证查验的准确性，并按照查验工作的需求，做好各项记录及备案归档工作；负责区内巡查工作，做好区内货物的安全防范工作； 负责对加工区企业（包括仓储企业）进、出区货物进行计算机核销工作，实施对企业加工产品单（损）耗进行搜集和商品单耗数据库的管理；负责本科政治思想、廉政建设的教育工作，抓好业务技能培训工作。
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