二、各业务科的职责权限
办公室
负责受理人民来信（来访）工作及司法部门案件协查协调工作；负责管理本关对外宣传、新闻报道工作；负责本关行政复议、行政诉讼和行政赔偿的协调和前期准备工作；负责本关外事和重要内事的接待工作。
浦东海关调查处
负责辖区内调查和稽查工作；负责职权范围内涉嫌走私违规案件的协查工作；负责职权范围内涉嫌走私违规案件的审理工作；负责本关审理委员会案件审理的前期准备工作；负责本关反走私综合治理工作；负责本关辖区内企业减免税货物的后续管理工作。
浦东海关通关业务处
负责对本关受理报关的进出口货物电子报关数据及纸质单证的审核；负责办理税费征收及退补税手续；负责办理直接退运、担保、滞报金减免申请的审核、审批或上报手续；负责本关报关单证明联签发和外汇报关单核查；负责办理辖区内企业转关运输货物的通关手续；负责对本关受理报关的进出口货物实施监控和查验、取样、送检工作；负责受理辖区内单位的预报关、预归类、预审价申请和上报工作；负责对辖区内单位专用码头进出口货物的监管工作；按管理权限，做好报关企业和报关员日常考核工作。
浦东海关关税业务处
负责办理辖区内外商投资企业进口设备的减免税备案和减免税审批；负责办理辖区内国内投资项目进口设备的减免税备案和减免税审批；负责对辖区内关税政策实施情况的调研及相关税收政策的宣传、咨询工作；负责办理辖区内企业的海关注册登记及变更、迁移、注销等手续；负责辖区内企业分类管理的受理、评估、调整和上报工作；负责辖区内企业的年度审核。
浦东海关加工贸易业务处
负责办理辖区内企业加工贸易合同备案审批，核发加工贸易手册；负责办理辖区内企业加工贸易合同变更、延期的审批；负责办理辖区内企业加工贸易银行保证金台帐的开设、核销和对帐及风险担保金的收缴和清退等工作；负责本关加工贸易料件的单耗、损耗标准的收集、上报工作；负责办理辖区内企业加工贸易货物深加工结转手续；负责办理辖区内企业加工贸易到期合同的报核、核销工作，做好到期未报核的合同摧报工作；负责办理辖区内企业加工贸易保税货物中期核查工作；负责受理、初审和上报辖区内设立保税仓库、保税集团、保税工厂的申请；负责辖区内保税仓库、保税集团、保税工厂保税货物的实际监管，办理保税仓库货物的进出库审批手续；负责辖区内国际展览会进出境展品的审批、监管和核销。